La leyenda dice que Llívia fue fundada por el mismísimo Hércules, responsable de la creación de la mitad de las ciudades de España, si hacemos caso al mito (se le atribuyen, entre otras, las fundaciones de Barcelona, Mérida, Sevilla, Cádiz o La Coruña). Lo cierto es que la zona donde se asienta el pueblo, la comarca histórica de La Cerdaña, lleva poblada cosa de cinco milenios, siglo arriba o abajo, y que existe constancia documental de que Llivia fue la capital del Condado de la Cerdaña al menos desde el año 815 de nuestra era. Pero hay dos fechas que marcan claramente la historia local de este bello pueblo pirenaico, y son el 12 de junio de 1528 y el 12 de noviembre de 1660. La primera fecha marca la concesión de unos derechos que se revelarían cruciales por parte de Carlos I de España, la segunda, la transformación de la localidad en un enclave.
Durante varios siglos Llivia, merced a su castillo, fue una de las localidades más poderosas de la Cerdaña. La fortificación fue destruida en 1478 por el ejército francés en el marco de la Guerra Civil Catalana después de catorce meses de asedio, y el pueblo perdió su posición en favor de Puigcerdá, que dista tan solo dos kilómetros. Cosa de medio siglo después, sin embargo, el Emperador Carlos I, en un escrito en el que confirmaba ciertos privilegios concedidos a Llivia por sus antecesores mencionó al pueblo como «Villa y parroquia de Llivia», lo que automáticamente elevó la categoría de la localidad por encima de la de todos las demás aldeas circundantes. Un siglo y pico más tarde se comprobaría que esa simple mención cambiaría la historia del pueblo para siempre.
Durante gran parte de la primera mitad del siglo XVII toda Europa estuvo enzarzada en la Guerra de los Treinta años. El conflicto finalizó en 1648, pero en mitad del follón España y Francia comenzaron a librar otra guerra, que concluyó en 1658 con la derrota española. Un año después se firmó en el Tratado de los Pirineos, según el cual España cedía al rey francés, entre otras cosas, varias comarcas fronterizas, y 33 municipios de la Cerdaña. Un año más tarde, en 1660, la negociación continuó precisamente en Llivia. Allí se debían dilucidar los 33 pueblos ceretanos (gentilicio de la Cerdaña) que pasarían a manos francesas. El representante español, para asombro de su homólogo francés, adujo que Llivia no era un pueblo (village, en francés) sino una villa, tal y como 120 años antes la había nombrado Carlos I, por lo que no podía entrar en el trato; tras algún tira y afloja, Francia aceptó. Así, el pequeño pueblo se convirtió en una isla española rodeada de territorio galo
Pasaron más de dos siglos hasta que finalmente quedó establecido el territorio exacto del municipio y se establecieron una serie de normas para facilitar la vida a los lliviencs. El tercer tratado de límites de Bayona, firmado en 1866, fijó finalmente los límites de Llivia tal y como se mantienen actualmente. Para ello se sirvió de cuarenta y cinco hitos, algunos de los cuales se conservan, que señalizan la frontera alrededor del pueblo. También fijó el camino entre Llivia y Puigcerdá (en la actualidad, la carretera N-154 española y D68 francesa) como «de libre circulación», lo que también tendría su importancia un siglo después. El Ayuntamiento de la localidad poseía (y posee aún, que yo sepa) unas tierras de pastoreo al norte del pueblo, bajo soberanía de Francia. El tratado establecía las normas para su uso y facilitaba el paso de los rebaños en ciertas épocas del año. La firma facilitó la vida a los habitantes de la pequeña villa, que por entonces contaba con poco más de mil habitantes. El tráfico entre Llivia y el resto del territorio catalán y español se normalizó por primera vez en siglos. El siglo XX, sin embargo, volvería a poner a prueba a los llivienses.
La Guerra Civil Española apenas afectó directamente a Llivia, que no sufrió ni campañas ni bombardeos por razones obvias. Algunos jóvenes fueron llamados a filas y la violencia sectaria provocó que algunas obras de arte fueran quemadas, pero poco más. No fue hasta la conclusión de la guerra cuando las tropas españolas pidieron autorización a Francia para cruzar las fronteras y ocupar el pueblo. Aquel invierno de 1939 fue especialmente frío y puertas y contraventanas acabaron ardiendo para calentar a los soldados que acamparon allí. Por esa misma época, el estallido de la II Guerra Mundial y la ocupación de Francia por parte de la Alemania de Hitler provocaron una situación muy incómoda para el pueblo. Los soldados del ejército nazi, si bien nunca llegaron a pisar el término municipal, patrullaban alrededor de él, y el gobierno alemán dirigió a Madrid una petición para que vigilara estrechamente el enclave, que por su condición de tal podía convertirse en un nido de conspiradores y espías. Más de cien policías armados llegaron a Llivia (que entonces contaba con 700 habitantes) para vigilar cualquier movimiento sospechoso
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